十一世纪中叶,后三条天皇为摆脱藤原氏摄政控制,选择退位成为上皇,以此绕过摄关制度直接行使权力。他开创了上皇院政制度,通过设立院厅政治机构发号施令,使其权威超越天皇诏令。 院政时期天皇依靠地方武士团武装力量巩固权力。平氏家族崛起与源氏家族崛起成为关键军事力量,先后应召入京。平清盛凭借军功掌控朝政,建立六波罗政权,幽禁上皇并操纵幼帝即位。 源氏最终击败平氏,源赖朝获封征夷大将军,在镰仓设立幕府,正式开启武家政权时代。天皇体系虽存,实权已由将军幕府掌控。