《温疫论》是中医史上首部系统论述急性传染病的医学专著。作者基于崇祯年间的惨痛疫疾教训,首次明确提出温疫并非源于传统的风寒邪气,而是由于一种看不见、摸不着的“疠气”通过口鼻入侵人体所致。书中深刻剖析了温疫在膜原潜伏、溃发及传变的复杂过程,强调该病具有强烈的传染性,且病程发展迅猛。吴氏在治疗上主张“疏利”与“逐邪”为先,并开创性地提出了达原饮及灵活运用三承气汤的攻下法,力求在正气耗尽前拔除病根。